Підлітки-Мутанти Ніндзя-Черепахи

В каналізації Нью-Йорка живуть мутанти Черепашки Ніндзя та їхній учитель, щур Сплінтер. «Мишероботи» вченого Бакстера Стокмана нападають на дівчину Ейпріл О'Ніл, яка розкрила його злочинні наміри. Але в цей момент Черепашки Ніндзя приходять їй на допомогу і вона стає їхньою подругою. Через напад мишероботів їм доводиться перенести свій сховок до нового місця. Пізніше вони знайомляться з Кейсі Джонсом — Нічним Месником в масці, котрий стає другом Ейпріл. Потім виявляється, що Стокман працював на Шреддера, керівника ніндзя з Клану Ноги. Черепашки дізнаються про мутаген, який спричинив їхній розвиток, і створив інших, не завжди добрих мутантів. Перешкоджаючи злим намірам Шреддера зі створення мутантів і поширення мафії, Черепашки стикаються зі Стокманом, який бажає помститися їм. Нарешті їм вдається проникнути до штаб-квартири Шреддера та відтяти йому голову. Однак, Сплінтер після цього таємниче зникає.

У пошуках Сплінтера Черепашки Ніндзя знаходять лігво інопланетян і випадково вмикають телепорт, який переносить їх до іншої галактики. Вони опиняються в центрі боротьби між Федерацією та Імперією трицератонів. Дві раси намагаються захопити професора Ханікатта, чия свідомість опинилася в тілі робота. Ханікатт винайшов телепорт, володіння яким дасть велику військову перевагу. Трицератони захоплюють робота і їхній імператор прагне дізнатися секрет телепортації шантажем. Черепашки постають перед важким вибором, але останньої миті їх повертають на Землю утроми — дружні інопланетяни, що врятували Сплінтера. Як з'ясовується, в давнину зореліт утромів розбився в Японії, перевозячи злочинця. Той утік і сконструював собі механічне тіло, ставши Шреддером. Стокман, який існує тепер як голова на роботизованій платформі, саботує пристрої утромів, дозволяючи Шреддеру вдертися до сховку прибульців. Черепашки перемагають Шреддера і той, як здавалося, гине від вибуху.

Трицератони починають масштабне вторгнення на Землю, вважаючи, що професор Ханікатт досі переховується на планеті. Ханікатт повертається на Землю, маючи намір здатися трицератонам аби запобігти руйнуванням. Ханікатта і Черепашок викрадають Сили захисту Землі на чолі з агентом Бішопом, який об'єднався з Федерацією. Трицератонський дисидент Траксимус скидає імператора Занрамона, а Ханікатт жертвує собою, щоб завантажити комп'ютерний вірус до флоту трицератонів та Федерації. Шреддер користується насталим хаосом, щоб під іменем Ороку Сакі допомогти у відбудові Нью-Йорка та збільшити свою владу.

Злочинні організації змінюють баланс сил. Бішоп, аби отримати фінансування, інсценізує вторгнення інопланетян. Однак, справжньою загрозою стає поява нових мутантів унаслідок попереднього вторгнення. Стокман клонує для себе нове людське тіло, але воно псується, і він зрештою тоне в річці Гудзон. Однак, Бішоп повертає його з мертвих як кіборга, вважаючи його корисним.

Черепашки та четверо помічників — Джой, Ферагі, Тора та Адам — потрапляють до монастиря Трибуналу ніндзя, щоб розпочати навчання боротьбі з невідомим злом. Трибунал виявляється агресивним і невблаганним. Нарешті він розкриває, що ворогом є демон Шреддер-тенґу, чий образ запозичив Шреддер-утром. Тенґу відродиться, якщо будуть поєднані його обладунки, розділені Трибуналом тисячоліття тому. Містики викрадають реліквії та, здається б, убивають Трибунал. Черепашки, Сплінтер і Стародавній повертаються до Нью-Йорка, щоб підготуватися до майбутньої загрози.

Черепашки та Сплінтер таємниче переносяться на 100 років у майбутнє, в 2105 рік, де вони зустрічають Коді Джонса, правнука Ейпріл О'Ніл і Кейсі Джонса, спадкоємця технологічної компанії під назвою O'Neil Tech. Йому допомагає вірний робот-слуга Серлінг із англійським акцентом. Завдяки тому, що Нью-Йорк майбутнього населений різними розумними істотами, Черепашки можуть не переховуватись. Поки Черепашки та Сплінтер намагаються допомогти Коді створити часовий портал, щоб повернутися в XXI століття, їм доводиться розкривати злочинну діяльність дядька Коді, Даріуса Дана. Даріусу служать «інувасі ґунджін», воїни з пташиною тематикою зникаючих видів, але Черепашки звільняють їх з-під влади Даріуса. Інші вороги, з якими Черепашки повинні боротися, це воєначальник Канабо Ш'Оканабо та його розумний ШІ Вірал.